Do oprogramowania GIS można zaliczyć każdy program zawierający funkcje wprowadzania, gromadzenia, analizowania oraz wizualizacji danych geoprzestrzennych. Oprogramowanie GIS staje się coraz bardziej wyspecjalizowaną gałęzią przemysłu komputerowego, zawierającą szereg aplikacji, często specjalnie zaprojektowanych na potrzeby konkretnej branży (administracji, przemysłu, transportu).
Zasadniczo oprogramowanie GIS podzielić można na komercyjne i niekomercyjne (wolne). Konieczność zakupu danego programu nie zawsze wiąże się jednak z jego jakością. Okazuje się bowiem, że w wielu przypadkach oprogramowanie niekomercyjne daje dużo większe możliwości niż komercyjne. Zasadnicza różnica między obydwoma typami polega także na łatwości obsługi. Oprogramowanie niekomercyjne ma często gorszy i mniej intuicyjny interfejs użytkownika, choć i ta cecha nie jest regułą.
Kolejną kwestią, której nie sposób pominąć, jest możliwość wzajemnej współpracy oprogramowania. GIS jest dziedziną rozwijającą się bardzo dynamicznie. Spowodowało to, że w chwili obecnej istnieje ponad sto formatów danych rastrowych, wektorowych i bazodanowych. Sprawia to niejednokrotnie problemy z transferem plików i projektów pomiędzy poszczególnymi aplikacjami. Standaryzacja prowadzona przez organizację OGC (Open Geospatial Consortium http://www.opengeospatial.org/) poprawia stopniowo tę sytuację, i wprowadzone przez nią standardy są już w wielu przypadkach faktem.
Szerokie spektrum zastosowań programów GIS sprawia, że nie wszystkie operacje można wykonać w nawet szeroko rozbudowanych aplikacjach. Stwarza to nie raz konieczność stosowania rozszerzeń, dodatkowych modułów lub nawet odrębnych programów. Innym sposobem zwiększenia funkcjonalności danego programu jest możliwość pisania własnych skryptów. Wymaga to posiadania pewnych umiejętności z zakresu programowania, choć niektóre programy posiadają tzw. edytory skryptów, które nieco ułatwiają ich tworzenie.
Inną ewidentną różnicą pomiędzy oprogramowaniem komercyjnym i niekomercyjnym jest wsparcie użytkownika ze strony producenta. Dużą przewagę ma tutaj oprogramowanie odpłatne, którego producenci oferują rozbudowaną pomoc techniczną, liczne samouczki i literaturę przedmiotu, a także regularne aktualizacje. Brak takiego wsparcia w przypadku oprogramowania niekomercyjnego często stanowi poważną przeszkodę w jego użytkowaniu.
Zobacz darmowe i wolne oprogramowanie GIS